PROSITE entry PS50817

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

PURL [info]	https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS50817
Entry name [info]	INTEIN_N_TER
Accession [info]	PS50817
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-MAY-2002 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC00687

Name and characterization of the entry

Description [info]

Intein N-terminal splicing motif profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=80;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=75;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.8451000; R2=0.0257841; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3172.8544922; R2=3.0545454; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=270; H_SCORE=3998; N_SCORE=7.8; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=220; H_SCORE=3845; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=-60; E1=-60; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='C';  M= -1,-16, 83,-24,-23,-19,-22,-25,-25,-24,-20,-17,-14,-32,-22,-25,  0, -4, -9,-45,-27,-23;
/M: SY='L';  M=-10,-28,-20,-32,-24, 17,-28,-21, 19,-26, 26, 12,-25,-28,-24,-20,-21, -8, 17,-17,  3,-24;
/M: SY='S';  M=  4, -2,-20, -3, -3,-18,-12, -7,-15,-10,-16,-12, -1,  2, -6,-12,  9,  7,-12,-30,-14, -6;
/M: SY='P';  M= -5,-14,-31,-11, -7,-16,  5,-12,-21, -7,-18,-13,-11,  6,-10,-11, -8,-12,-21,-12, -7,-10;
/M: SY='D';  M=-12, 25,-27, 32, 11,-26,  0, -4,-32, -4,-25,-23, 14,-13, -3,-10,  1, -8,-26,-28,-16,  4;
/M: SY='T';  M=  4,  1,-15, -3,  7,-17,-16,-12,-16, -6,-15,-13,  0, -8, -2, -9, 16, 27, -8,-30,-14,  3;
/M: SY='R';  M=-11, -6,-28, -6,  4,-16,-20, -7,-15,  4,-11, -8, -4, -5,  0,  6, -9, -5,-16,-16, -9,  1;
/M: SY='I';  M= -5,-29,-20,-33,-27,  0,-33,-28, 35,-24, 18, 15,-25,-25,-22,-23,-16, -6, 34,-24, -5,-27;
/M: SY='L';  M= -8,-23,-24,-25,-17,  0,-27,-18, 13,-20, 15,  9,-20,-12,-14,-16,-16, -5,  6,-18, -3,-17;
/M: SY='L';  M= -7,-19,-19,-24,-19,  5,-27,-19, 11,-19, 14,  8,-17,-21,-16,-16,-10,  7,  9,-16,  1,-18;
/M: SY='E';  M=  0, -6,-25, -5,  5,-19,-15,-12,-17,  4,-17,-12, -6,  3, -1,  0, -1, -5,-14,-25,-15,  1;
/M: SY='D';  M=-12, 11,-26, 13,  7,-19,-10, -1,-22, -1,-18,-14,  9,-15,  0,  0, -1, -6,-19,-29,-13,  3;
/M: SY='G';  M= -5,  1,-27, -1, -8,-24, 33,-12,-31, -9,-26,-18,  8,-18,-11,-11,  0,-11,-25,-23,-20,-10;
/I:         I=-1; MD=-5;
/M: SY='G';  M= -3,  0,-18,  1, -1,-18, 13, -8,-22, -4,-18,-13,  3,-10, -4, -3,  5, -3,-16,-20,-15, -3; D=-1;
/I:         I=-1; MI=0; MD=-5; IM=0; DM=-5;
/M: SY='F';  M=-10,-19,-20,-21,-13,  6,-22,-15,  0,-12,  1,  0,-16,-12,-13,-10,-13, -6, -2,  2,  2,-13; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-5;
/M: SY='V';  M= -7,-14,-20,-16, -8, -9,-25,-15,  5, -4,  0,  4,-13,-18, -9, -2, -8, -1,  9,-24, -8,-10; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-5;
/M: SY='K';  M= -6, -1,-21,  0,  6,-22,-17,-11,-23, 14,-22,-14, -1,  0,  1,  9,  1,  2,-17,-26,-14,  3; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-5;
/M: SY='I';  M=-10,-28,-26,-37,-27,  7,-35,-25, 38,-27, 23, 21,-21,-22,-19,-25,-20, -9, 23,-18,  2,-26; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-5;
/M: SY='G';  M=  0, -4,-26, -3,  4,-24, 14,-12,-29,  1,-22,-15, -1,-13, -3, -1,  0, -9,-21,-22,-19,  0; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-5;
/M: SY='E';  M=-11, 21,-27, 28, 31,-30,-15,  0,-29,  7,-24,-20, 11, -7,  9, -1,  2, -6,-26,-32,-18, 20; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-5;
/M: SY='L';  M= -9,-28,-19,-32,-24, 17,-30,-22, 22,-26, 26, 15,-25,-25,-24,-21,-21, -8, 18,-17,  3,-24; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-5;
/M: SY='V';  M= -4,-13,-19,-15,-10, -3,-23,-14,  3, -8, -4, -1,-12,-18,-10, -9, -6, -2,  8,-20, -1,-11; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-5;
/M: SY='D';  M= -6, 19,-21, 23, 19,-23, -9, -1,-23,  3,-20,-17, 13, -7,  6, -3,  4, -4,-21,-27,-15, 12; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-5;
/M: SY='K';  M= -6,  4,-20,  6,  7,-20, -9, -2,-18, 10,-17, -9,  4, -8,  5,  8, -1, -5,-15,-20,-10,  5; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-5;
/M: SY='Y';  M= -7, -9,-18,-11, -5,  5,-17, -5, -5, -3, -3, -3, -8,-15, -6, -3, -8, -4, -5, -2, 10, -6; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-5;
/M: SY='M';  M= -7, -9,-17,-11, -8, -2,-18,-10,  3, -5,  3,  6, -8,-15, -8, -4, -9, -5,  3,-17, -3, -8; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-5;
/M: SY='E';  M= -5,  4,-19,  7, 11,-16,-11, -1,-16,  3,-11, -8,  1, -6,  2, -2, -2, -5,-14,-20, -8,  6; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-5;
/M: SY='K';  M= -5,  0,-10,  0,  1,-11, -9, -5,-10,  3, -9, -5,  0, -9,  0,  2, -1, -1, -6,-16, -8,  1; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-5;
/M:         M= -3, -3,-14, -4, -1, -6, -6, -4, -6, -4, -6, -5, -1, -5, -3, -4, -3, -4, -7,-11, -3, -3; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-5;
/M: SY='D';  M= -4,  2,-14,  4,  2,-12,  0, -1,-14,  0,-12, -8,  1, -7, -2, -3, -1, -5,-10,-14, -7,  0; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-5;
/M: SY='E';  M= -4,  0,-15,  2,  5,-12, -9, -7,-11,  0,-11, -8, -2, -1, -2, -2,  0, -2, -8,-17,-10,  1; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-5;
/M: SY='V';  M= -3,-17,-12,-18,-13,  0,-20,-17, 12,-15, 12,  6,-16,-18,-14,-14,-11, -3, 13,-16, -4,-14; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-5;
/M: SY='D';  M= -4,  5,-20,  8,  6,-20,  3, -7,-22,  1,-19,-14,  4, -6, -1, -2,  1, -6,-18,-21,-15,  2; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-5;
/M: SY='G';  M= -6,  8,-20,  8,  3,-21, 12, -5,-24,  0,-20,-14, 10, -9, -2, -1,  1, -8,-20,-21,-16,  0; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-5;
/M: SY='E';  M= -9, -6,-23, -5,  7, -5,-19,  4,-14,  5,-10, -4, -6,-12,  3,  2, -7, -7,-13,-11,  7,  4; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-5;
/M: SY='V';  M=  4,-23,-15,-26,-23, -4,-19,-23, 17,-19,  8,  7,-21,-24,-21,-19, -7, -1, 26,-25, -8,-22; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-5;
/M: SY='L';  M=-12,-21,-26,-23,-17,  7,-27, -9,  8,-17, 12,  6,-19,-17,-15,-15,-19, -9,  2, -5, 12,-17; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-5;
/M: SY='S';  M=  5,  0,-19, -3, -5,-21,  5,-13,-20,-10,-23,-16,  6, -2, -6,-12, 14,  7,-15,-31,-21, -6; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-5;
/M: SY='F';  M= -9,-22,-20,-26,-20, 14,-25,-15,  6,-15,  8,  3,-17,-23,-19,-10,-15, -8,  6,-12,  4,-20; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-5;
/M: SY='D';  M=-11, 23,-24, 25,  6,-27, -7, -4,-26,  0,-25,-19, 18, -9, -2, -4,  1, -5,-23,-33,-18,  1;
/I:         I=-3; MD=-14;
/M: SY='E';  M= -4, -2,-25, -2,  1,-20, -3, -8,-17, -2,-17,-11, -1, -9, -2, -5, -2, -8,-14,-23,-12, -1; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-14;
/M: SY='D';  M= -7,  9,-25, 11, 10,-24, -4, -6,-25,  5,-20,-15,  6,-12,  2,  4, -1, -7,-20,-23,-15,  6; D=-3;
/I:         I=-3; MI=0; MD=-14; IM=0; DM=-14;
/M: SY='G';  M= -5, -8,-13, -9, -6, -5,  1, -7, -7, -5, -2, -2, -6,-13, -6, -4, -7, -7, -6,-10, -3, -6; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-14;
/M: SY='K';  M= -9, -7,-26, -7,  1,-17,-20,-10,-13, 13,-16, -7, -5, -8,  1, 11, -8, -7,-10,-13, -6,  0; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-14;
/M: SY='I';  M= -5,-20,-20,-23,-16,  5,-24,-17,  8,-18,  8,  3,-18,-15,-17,-16,-11, -2,  8,-14, -1,-17; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-14;
/M: SY='R';  M= -9, -6,-24, -7,  4,-14,-20, -4,-14,  7,-13, -7, -4,-16,  2,  9, -4, -4, -8,-21, -7,  3;
/M: SY='Y';  M=-11,-14,-28,-16, -9, -6,-21, -6, -8, -4, -5, -2,-11,-17, -6, -1,-14,-10, -9, -1,  1, -8;
/M: SY='K';  M= -5, -7,-23, -8, -6,-17,-13,-11,-14,  7,-12, -5, -6,-17, -4,  6, -5, -2, -6,-23, -9, -5;
/M: SY='K';  M= -5, -5,-25, -4,  0,-23, -8,-12,-24,  9,-23,-14, -5,  2, -3,  7, -3, -5,-18,-23,-14, -3;
/M: SY='V';  M=  1,-18,-20,-20,-14, -4,-21,-20,  8,-14,  1,  1,-17,-17,-15,-15, -9, -6, 13,-20, -7,-15;
/M: SY='E';  M= -6, -7,-24, -8,  1,-17,-14, -6,-14,  0,-13, -8, -5,-10, -2,  0, -1,  0,-10,-23,-10, -2;
/M: SY='E';  M= -3, -1,-25,  0,  6,-20,-14,  0,-20,  5,-18,-11, -1,-10,  6,  3,  0, -4,-17,-21, -5,  4;
/M: SY='V';  M= -2,-24,-16,-27,-20,  3,-26,-21, 14,-17, 10,  9,-23,-24,-19,-17,-13, -4, 18,-14, -3,-19;
/M: SY='Y';  M=-14,-24,-28,-28,-20, 14,-25, -8,  6,-18,  6,  5,-20,-25,-15,-14,-19,-12, -2, 14, 20,-18;
/M: SY='R';  M=-13,  0,-26,  2, 10,-23,-20, -3,-24, 19,-19,-11,  0,-12,  8, 24, -7, -8,-19,-24,-10,  7;
/I:         I=-1; MD=-6;
/M: SY='H';  M= -8,-10,-22,-11, -9,-10,-11,  8,-11, -7, -9, -3, -5,-20, -6,  1, -6, -7, -7,-22, -3,-10; D=-1;
/I:         I=-1; MD=-6;
/M: SY='R';  M= -9, -1,-25,  0,  7,-22, -7, -5,-24, 15,-21,-12,  1, -7,  4, 16, -5, -8,-19,-20,-11,  4; D=-1;
/I:         I=-1; MD=-6;
/M: SY='Y';  M= -3, -9,-19,-11, -7, -7,-17, -3, -5, -7, -4, -3, -9,-13, -4, -8, -4,  2, -3,-13,  3, -7; D=-1;
/I:         I=-1; MI=0; MD=-6; IM=0; DM=-6;
/M: SY='E';  M= -7,  0,-23,  3,  7,-22,  2, -5,-22,  7,-19,-11,  1,-10,  3,  6, -2, -9,-18,-20,-14,  4; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-6;
/M: SY='K';  M= -8, -2,-24,  0,  7,-21,-10, -3,-21, 10,-19,-10, -2,  1,  4,  7, -4, -6,-18,-19,-10,  4; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-6;
/M: SY='M';  M= -4,-16,-11,-20,-16, -4,-18,-14,  9,-13,  9, 11,-14,-19,-12,-12,-11, -3, 10,-20, -6,-15; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-6;
/M: SY='Y';  M=-12,-18,-21,-20,-17, 15,-25, -5, 11,-14,  9,  6,-16,-21,-14,-13,-16, -8,  4,  1, 25,-17; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-6;
/M: SY='R';  M= -8, -3,-23, -2,  8,-20,-11, -7,-21, 14,-18,-11, -1, -9,  4, 19, -2, -5,-14,-21,-13,  5; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-6;
/M: SY='I';  M= -7,-22,-18,-26,-21,  6,-26,-20, 24,-19, 13, 10,-17,-19,-17,-17,-13, -5, 20,-15,  1,-21; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-6;
/M: SY='R';  M= -9, -4,-21, -4,  4,-16,-15, -6,-17, 15,-16, -8, -1,-11,  4, 20, -3, -2,-12,-13, -8,  3; D=-1;
/I:         I=-1; DM=-6;
/M: SY='S';  M= -3,  7,-22,  7,  5,-21, -5, -7,-22, -1,-20,-15,  7,-12,  1, -4,  8,  0,-18,-29,-15,  2;
/M: SY='G';  M= -2, -7,-28, -8,-14,-24, 38,-13,-30,-13,-24,-16,  1,-18,-14,-11, -1,-15,-23,-19,-22,-14;
/M: SY='R';  M= -9, -8,-25,-10, -5,-11,-17,  0,-18,  6,-14, -8, -4,-19, -1, 15, -5, -4,-14,-10,  2, -5;
/M: SY='E';  M= -3, -2,-21, -1, 13,-19,-15, -8,-18,  3,-17,-12, -4,-12,  3, -2,  2, -2,-13,-21, -9,  8;
/M: SY='I';  M= -9,-30,-23,-35,-27, 10,-34,-26, 33,-28, 25, 16,-25,-26,-24,-24,-21, -8, 25,-19,  1,-27;
/M: SY='K';  M= -4, -4,-23, -5,  3,-17,-18,-12,-14,  7,-13, -9, -4,-14, -1,  5, -2,  1, -8,-22,-10,  0;
/M: SY='V';  M=  8,-20, -2,-25,-21, -8,-17,-23,  6,-19,  5,  3,-18,-23,-19,-20, -5,  0, 14,-27,-13,-20;
/M: SY='T';  M= -1,  4,-11, -4, -8,-12,-18,-18,-12, -9,-12,-12,  3,-10, -9,-10, 19, 44, -3,-31,-11, -8;
/M: SY='P';  M=  4,-11,-27, -8,  1,-25, -3,-12,-21, -6,-22,-15, -9, 22, -5,-10,  1, -7,-19,-27,-22, -4;
/M: SY='D';  M=-10, 23,-26, 26, 12,-27, -3, -2,-28, -2,-25,-21, 18,-13,  1, -7,  4, -5,-26,-29,-16,  7;
/M: SY='H';  M=-20,  0,-30,  0,  0,-20,-20, 98,-30,-10,-20,  0, 10,-20, 10,  0, -9,-19,-29,-30, 19,  0;
/M: SY='P';  M= -7,-10,-28, -6,  3,-23,-16,-11,-19,  6,-20,-12, -7, 15,  2,  3, -1, -5,-19,-26,-15,  1;
/M: SY='F';  M=-10,-30,-20,-34,-27, 24,-30,-24, 19,-26, 20, 11,-26,-28,-27,-21,-21, -9, 18, -5,  7,-26;
/M: SY='F';  M=-13,-24,-23,-27,-19, 19,-27,-14,  8,-20, 19,  8,-20,-21,-19,-12,-20, -9,  3,-11, 10,-20;
/M: SY='T';  M=  0,-14, -9,-20,-18, -8,-21,-23,  4,-13, -2, -1,-13,-19,-17,-12,  3, 18, 16,-29,-11,-18;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_01 which contains 572'970 sequence entries.

Total number of hits	146 in 133 different sequences
Number of true positive hits	144 in 131 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	2 in 2 different sequences
Number of false negative sequences	6
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	98.63 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	96.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Archaea, Bacteriophages, Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria), Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info]	3
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	CJA_Sigrist
Version [info]	5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences	131 sequences CLPP_CHLMO (P42379), DHHA_XENLA (Q91610), DHH_MOUSE (Q61488), » more Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits: [Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color] [Clustal format, plain text] [Fasta format] Retrieve the sequence logo from the alignment
UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences	6 sequences DNAB_GUITH (O78411), DNAB_MYCIT (Q9F5P4), DNAB_MYCLE (P46394), » more
UniProtKB/Swiss-Prot False positive sequences	2 sequences ERC6L_DANRE (A2BGR3), HIR1_EREGS (Q74ZN0)
PDB [Detailed view]	44 PDB 1AM2; 1AT0; 1DFA; 1DQ3; 1GPP; 1LWS; 1LWT; 1MI8; 1VDE; 1ZD7; 1ZDE; 2CW7; » more