PROSITE entry PS50808

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

PURL [info]	https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS50808
Entry name [info]	ZF_BED
Accession [info]	PS50808
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-APR-2002 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC50808
Associated ProRule [info]	PRU00027

Name and characterization of the entry

Description [info]

Zinc finger BED-type profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=58;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=53;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.3612000; R2=0.0176589; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2809.9462891; R2=2.4008265; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=433; H_SCORE=3850; N_SCORE=9.0; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=292; H_SCORE=3511; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=-60; E1=-60; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='R';  M=-11, -5,-27, -6,  1,-18, -6, -6,-24, 12,-18,-10,  1,-17,  4, 19, -5, -9,-20,-22,-12,  1;
/M: SY='K';  M= -8,  0,-29,  3,  2,-21,-12, -4,-23, 14,-21, -8, -3, -8,  4,  7, -7,-10,-19,-17, -2,  2;
/M: SY='R';  M= -8,-11,-24,-12, -5,-15,-19, -9,-12,  1,-12, -4, -8, -2,  1,  7, -1,  3, -9,-23, -7, -4;
/M: SY='D';  M= -3, 18,-19, 24, 14,-27, -6, -4,-27, -4,-29,-23, 15, -9,  3, -8, 21,  6,-20,-39,-20,  9;
/M: SY='K';  M= -6, -2,-27,  1,  4,-24,-18, -4,-17,  7,-20,-11, -3,  0, -1,  2, -4, -7,-13,-27,-13,  0;
/M: SY='V';  M=  6,-21,-20,-25,-20, -7,-16,-20, 12,-17,  0,  4,-17,-12,-17,-20, -5, -4, 14,-21, -7,-20;
/M: SY='W';  M=-14,-32,-40,-33,-25, 10,-21,-21,-13,-18,-11,-13,-32,-27,-17,-18,-29,-19,-21, 99, 30,-19;
/M: SY='E';  M= -7,  0,-15,  1,  6,-23,-11,-10,-22,  2,-18,-12,  0, -7,  1, -3, -1, -6,-19,-30,-17,  3;
/M: SY='H';  M=-16,-13,-26,-15,-13,  9,-25, 38, -7,-14, -7,  1, -7,-24, -7, -9,-11,-11,-10, -8, 32,-13;
/M: SY='F';  M=-10,-24,-22,-28,-24, 31,-14,-13, -1,-22,  7,  0,-19,-27,-25,-18,-16,-10, -1,  0, 21,-24;
/M: SY='T';  M= -4, -8,  0,-11,-14,-15,-16,-18, -9,-11, -7, -7, -9,-21,-14, -6, -4,  2,  0,-30,-15,-15;
/M: SY='E';  M= -7, -1,-28,  3,  7,-17, -8, -7,-21, -6,-15,-12, -5, -1,  3,-10, -4, -7,-21,-21, -9,  4;
/M: SY='V';  M= -7,-17,-21,-20,-11, -4,-25,-17,  7,-11,  0,  1,-12,-19, -8, -5, -4,  0,  8,-24, -6,-11;
/I:         I=-3; MD=-14;
/M: SY='E';  M= -6,  5,-19,  6, 11, -7,-14, -4,-14, -4, -8,-10,  0,-10, -2, -7, -2, -2,-13,-17, -3,  5; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-14;
/M: SY='R';  M= -8, -6,-17, -7,  2,  3,-15, -8,-14,  5,-10, -7, -3,-11, -3,  8, -2, -1,-10,-13, -2,  0; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-14;
/M:         M= -5,  0,-16,  0, -1,-13, -1, -7,-11, -7, -7, -4,  0, -3, -5, -8, -1,  0,-11,-19,-11, -3; D=-3;
/I:         I=-3; MI=0; MD=-14; IM=0; DM=-14;
/M: SY='D';  M=-10, 21,-18, 31, 17,-22, -8, -1,-22,  5,-17,-16,  8, -5,  4, -2, -1, -6,-18,-22,-12, 10; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-14;
/M: SY='G';  M= -4,  2,-19,  5,  4,-20, 19, -7,-23, -2,-17,-13,  2, -8, -3, -5, -1,-10,-18,-15,-15,  0; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-14;
/M: SY='K';  M= -5, -1,-14,  0,  1,-12,-14, -8, -6,  3, -8, -5, -2, -8, -2,  2, -1,  3, -2,-17, -7, -1; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-14;
/M: SY='K';  M= -5,  2,-14, -1, -1,-11,-10, -5, -8, 10, -9, -4,  5,-10, -1,  5, -4, -3, -6,-15, -7, -1; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-14;
/M: SY='K';  M= -4, -7,-14, -7, -3,-10, -7, -8, -6,  4, -2,  0, -6,-11, -1,  1, -7, -6, -4,-12, -6, -2; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-14;
/M: SY='G';  M=  8, -3,-10, -5, -4,-13, 11, -8,-13, -3,-13, -8,  0, -7, -4, -6,  6, -2, -8,-13,-12, -4; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-14;
/M: SY='R';  M=-10, -8,-28, -9, -5,-15,-21,  5,-17, 11,-16, -6, -6,-18,  0, 14,-12,-11,-12, -7,  3, -5;
/M: SY='F';  M=  4,-21,-18,-26,-19,  8,-19,-17,  3,-18,  5,  3,-19,-22,-17,-17, -8, -2,  5, -3,  4,-18;
/M: SY='K';  M=-12,-10,-27,-12,  0, -4,-24, -9,-13, 12, -9, -4, -8,-17,  0, 11,-11, -6,-11,-14,  2,  0;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='K';  M= -4, -5,-23, -7, -2,-20,-18, -3,-15, 19,-18, -3, -1,-16,  1, 13, -5, -6, -7,-25, -9, -1;
/M: SY='Y';  M=-13,-20,-26,-22,-16, 10,-22, -4,  1,-11,  6,  3,-17,-25,-10, -6,-17,-10, -3, -2, 24,-15;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='H';  M=-12, -3,-28, -3,  0,-21, -4, 28,-24, -3,-14, -5,  3,-18,  4, -2, -8,-15,-23,-25, -3,  0;
/M: SY='K';  M=-11,-12,-27,-13, -5, -7,-23,-12,-13, 16,-16, -6, -8, -9, -5, 10,-10, -8, -9,-16, -1, -5;
/M: SY='I';  M=-10,-14,-26,-14,-13,-12,-28,-20, 11, -7,  1,  3,-14,-14,-12, -8,-14, -8, 11,-25, -8,-15;
/M: SY='M';  M= -8,-16,-24,-21,-17, -5,-12,-13,  7,-15,  9, 11,-10,-22,-12,-14,-13, -9,  0,-20, -3,-15;
/M: SY='K';  M= -3, -4,-16, -5,  2,-25,-14, -1,-25, 12,-25,-12,  1, -8,  6, 12,  6, -2,-18,-28,-13,  3;
/M: SY='N';  M= -7, -5,-17, -8, -5,-14,  0, -4,-22, -5,-19,-12,  3,-18, -6,  0,  2, -4,-17,-26,-12, -7;
/I:         I=-3; MD=-17;
/M: SY='G';  M= -5,-10,-22,-12,-11,-15,  4, -6,-13,-12, -8, -5, -4,-17, -6, -7, -1,  0,-11,-22,-11, -9; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-17;
/M: SY='G';  M= -2, -4,-21, -4, -5,-22, 12,  3,-24, -7,-22,-12,  2, -7, -1, -7,  7, -2,-19,-24,-13, -4; D=-3;
/I:         I=-3; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17;
/M: SY='S';  M= -1,  0,-13, -1,  1,-12,  2, -7,-12, -2,-10, -8,  3, -8, -2, -4,  5,  1,-10,-17,-10, -1; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-17;
/M: SY='S';  M=  5,  0,-10, -4, -5,-12,  5, -7,-11, -7,-13, -6,  5, -9, -4, -8, 12,  6, -7,-21,-12, -4; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-17;
/M: SY='T';  M=  4,-11,-18,-17,-12,-13,-20,-21,  0,-14, -8, -6, -8,  2,-11,-17,  7, 20,  1,-27,-13,-13;
/M: SY='S';  M=  1,  6,-15,  3,  5,-17, -7, -5,-19, -6,-24,-17, 13,-11,  1, -7, 24, 15,-14,-33,-13,  3;
/M: SY='N';  M= -3,  7,-24,  0, -3,-19, -3, -3,-21,  3,-24,-15, 17, -5, -2,  5,  3, -4,-22,-26,-13, -4;
/M: SY='L';  M= -9,-23,-20,-25,-16,  5,-25,-14, 12,-20, 26, 19,-22,-25, -9,-14,-18, -7,  6,-20, -1,-12;
/M: SY='R';  M=-11,-14,-26,-17, -8,-16,-24,-12, -1,  9, -8,  4, -8,-17,  2, 15, -9, -7,  0,-22, -8, -6;
/M: SY='R';  M=-10, -7,-26,-11, -5,-15,-22,  1,-11,  8,-13, -4, -1,-17,  3, 16, -6, -2,-10,-19,  0, -4;
/M: SY='H';  M=-20,  0,-30,  0,  0,-20,-20,100,-30,-10,-20,  0, 10,-20, 10,  0,-10,-20,-30,-30, 20,  0;
/M: SY='L';  M=-10,-23,-22,-25,-16,  0,-28,-12, 13,-16, 28, 16,-22,-25,-14,-12,-23,-10,  8,-21, -1,-15;
/I:         I=-3; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17;
/M: SY='K';  M= -5, -9,-15,-10, -5, -6,-14,-11, -5,  5, -2, -1, -9,-11, -4,  1, -8, -2, -2, -2, -2, -4; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-17;
/M: SY='R';  M= -6,  3,-20,  1,  2,-20,-13,  4,-21,  8,-18,-10,  5,-13,  7, 17,  2,  1,-16,-23, -9,  2; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-17;
/M:         M= -3,-13,-11,-16, -9,-11,-15,-15, -8, -2, -8,  0,-12,-11, -6, -6, -7, -4, -3,-22,-11, -8; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-17;
/M: SY='H';  M=-16, -8, 28,-12,-12,-20,-24, 49,-30,-18,-20, -8, -2,-28, -6,-12,-10,-16,-22,-38,  1,-12;
/M: SY='K';  M= -3,-11,-27, -9,  0,-21,-15,-15,-15,  7,-13, -8,-11,  6, -4, -1, -7, -7,-12,-25,-16, -3;
/M: SY='N';  M= -6,  5,-23,  1,  4,-18,-15, -6,-13,  2,-12, -7,  8,-15,  0,  3,  0, -1,-13,-29,-13,  1;
/M: SY='Y';  M= -4, -4,-25, -5,  1, -9,-15, -5, -8, -6, -7, -7, -5,-17, -5,-10, -7, -8, -9,-15,  5, -4;
/M:         M=-12,-15,-28,-13,-10, -6,-22,-14, -7, -7, -6, -6,-14,  0,-11, -4,-12, -8, -8,-12, -3,-12;
/M: SY='K';  M= -2,  3,-23,  2,  3,-17,-15,-11,-20,  7,-19,-13,  1, -7, -3,  2,  0, -1,-13,-25,-13, -1;
/M: SY='E';  M= -4,  4,-25,  5, 11,-26, -9, -8,-23,  6,-22,-14,  3, -4,  5,  1,  2, -4,-18,-28,-18,  7;
/M: SY='V';  M= -3, -7,-19,-11,-16, -6,-15,-12,  4,-13, -6, -3, -5,-22,-15,-15, -2,  0,  9,-22,  0,-17;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_01 which contains 572'970 sequence entries.

Total number of hits	35 in 24 different sequences
Number of true positive hits	35 in 24 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	3
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	92.11 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info]	4
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	CJA_Sigrist
Feature key [info]	ZN_FING
Feature description [info]	BED-type
Version [info]	5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

24 sequences

BED3_CAEEL  (Q19787), DPY20_CAEBR (P51558), DPY20_CAEEL (P34807),

DSLE_ARATH  (Q9M2N5), ENV11_YEAST (P53246), GEI13_CAEEL (P34478), 
HOBOT_DROME (P12258), RSLE1_ORYSJ (B9FJG3), RSLE2_ORYSJ (Q6AVI0), 
RSLE3_ORYSJ (Q75HY5), RSLE4_ORYSJ (Q0JMB2), SUF4_ARATH  (Q9C5G0), 
VID22_YEAST (Q05934), YS54_CAEEL  (Q09663), ZBED1_HUMAN (O96006), 
ZBED2_HUMAN (Q9BTP6), ZBED3_HUMAN (Q96IU2), ZBED4_HUMAN (O75132), 
ZBED4_MOUSE (Q80WQ9), ZBED5_BOVIN (A4Z943), ZBED5_CANLF (A4Z944), 
ZBED5_HUMAN (Q49AG3), ZBED6_HUMAN (P86452), ZBED6_MOUSE (D2EAC2)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences

3 sequences

MIG39_CAEEL (P34418), TPED_TALSN  (B8MV65), ZBED3_MOUSE (Q9D0L1)

PDB
[Detailed view]

2 PDB

2CT5; 2DJR